Perbezaan Antara Blast dan Fasta

Blast vs Fasta

Blast dan Fasta adalah dua perisian yang digunakan untuk membandingkan urutan biologi DNA, asid, protein dan nukleotida spesies yang berbeza dan mencari persamaan. Algoritma-algoritma ini telah ditulis dengan pantas untuk menjaga minda kerana sebagai bank data urutan bertambah sebaik sahaja DNA diasingkan di makmal oleh para saintis pada pertengahan tahun 1980-an, ada keperluan untuk membandingkan dan mencari gen serupa untuk penyelidikan lanjut pada kelajuan tinggi. Blast adalah akronim bagi Alat Pencari Alignment Asas Tempatan dan menggunakan pendekatan setempat dalam membandingkan dua urutan. Fasta adalah perisian yang dikenali sebagai Fast A di mana A bermaksud All kerana ia berfungsi dengan abjad seperti Fast A untuk penjujukan DNA dan Fast P untuk protein. Kedua-dua Blast dan Fasta sangat cepat dalam membandingkan mana-mana pangkalan data genom dan oleh itu sangat bersifat monetari serta menjimatkan masa.

Blast

Salah satu perisian bioinformatik Blast yang paling banyak digunakan pada tahun 1990 dan sejak itu telah tersedia untuk semua orang di tapak NCBI. Perisian ini boleh diakses oleh mana-mana dan boleh diubah suai mengikut keperluan. Blast ialah perisian di mana data masukan bagi urutan yang akan dibandingkan adalah dalam format dan output data Fasta boleh diperolehi dalam teks biasa, HTML atau XML. Letupan berfungsi pada prinsip mencari persamaan setempat antara kedua-dua jujukan dan selepas menyenaraikan jujukan yang sama ia mencari persamaan kejiranan. Perisian ini mencari bilangan kawasan setempat yang tinggi dan memberikan hasil setelah nilai ambang dicapai. Proses ini berbeza dari perisian awal yang mana keseluruhan urutan dicari dan dibandingkan yang mengambil banyak masa. Blast digunakan untuk pelbagai tujuan seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen yang sama dalam spesies yang berbeza, mewujudkan pokok filogenetik.

Fasta

Program Fasta telah ditulis pada tahun 1985 untuk membandingkan urutan protein sahaja tetapi kemudian diubahsuai untuk melakukan carian pada DNA juga. Perisian Fasta menggunakan prinsip mencari persamaan antara dua urutan secara statistik. Perisian ini sepadan dengan satu urutan DNA atau protein dengan yang lain dengan kaedah penjajaran urutan tempatan. Ia mencari kawasan setempat untuk kesamaan dan bukan perlawanan terbaik antara dua urutan. Oleh kerana perisian ini membandingkan persamaan setempat pada masa-masa, ia dapat menghasilkan ketidakcocokan. Dalam urutan Fasta mengambil bahagian kecil yang dikenali sebagai k-tuples di mana tuple boleh dari 1 hingga 6 dan sepadan dengan k-tuples urutan lain dan sekali nilai ambang padanan dicapai ia datang dengan hasilnya. Ia adalah satu program yang digunakan untuk menyenaraikan prospek urutan sepadan dari sebilangan besar untuk perbandingan penuh kerana ia sangat cepat.

Secara ringkas: Blast vs Fasta • Blast lebih cepat daripada Fasta. • Letupan jauh lebih tepat daripada Fasta. • Untuk urutan yang hampir dipadankan Blast adalah sangat tepat dan bagi urutan yang berbeza Fasta adalah perisian yang lebih baik. • Letupan boleh diubah mengikut keperluan tetapi Fasta tidak boleh diubah suai. • Blast mesti menggunakan format input Fasta untuk mendapatkan data output. • Blast adalah lebih serba boleh dan digunakan secara meluas daripada Fasta.